Größter industrieller Arbeitgeber in Würzburg ist die Brose Fahrzeugteile SE & Co. KG. Der Druckmaschinenhersteller Koenig & Bauer hat hier seinen Stammsitz. Das 1817 gegründete Unternehmen gilt nach eigenen Angaben als ältester Druckmaschinenhersteller der Welt. Weitere Unternehmen sind die Druckerei flyeralarm, der Brückenkranhersteller NKM Noell Special Cranes, Mero mit Raumfachwerken und Stahl-Glas-Konstruktionen sowie die Vogel Medien Gruppe. Industrie und Gewerbe bestehen überwiegend aus kleinen und mittleren Betrieben in den Industriegebieten Hafen, Aumühle und Würzburg-Ost. Anders als im benachbarten Schweinfurt mit seiner Großindustrie ist Würzburg vor allem das Dienstleistungszentrum der Region. Universität, Hochschulen und Universitätsklinikum beschäftigen zusammen mehrere Tausend Menschen.

Ein großes Bauvorhaben ist die Norderweiterung des Universitätsklinikums. Der erste Bauabschnitt umfasst das Kopfklinikum und ein Zentrum Frauen-Mutter-Kind sowie die Erschließung eines rund 12 Hektar großen Erweiterungsgeländes. Der Freistaat bezeichnet es als eines seiner größten Bauprojekte. Auf dem Gelände der ehemaligen Leighton Barracks ist der neue Stadtteil Hubland mit Wohnungen, Gewerbe und Universitätsflächen entstanden. Dazu kommen Montage und Wartung in den Industriegebieten, Arbeiten am Hafen und an der Bundeswasserstraße Main sowie Baustellen an den Autobahnen rund um die Stadt.